Le Tome 2 poursuit l'examen minutieux des événements révolutionnaires et de leurs conséquences sur le clergé français. L'ouvrage s'ouvre sur les efforts pour abolir les titres de noblesse et les célébrations de la Fédération, avec des figures comme l'abbé Maury et Talleyrand, et décrit les premières tensions religieuses, notamment le refus de certains évêques de concourir aux fêtes officielles.
Jager décrit ensuite l’adoption et la mise en application de la Constitution civile du clergé, les débats houleux à l’Assemblée nationale, les pressions sur le roi pour qu’il accorde la sanction, et les diverses réactions du clergé : fidélité, rétractations ou rébellion. Les actions de Mirabeau, Barnave, Cazalès, ainsi que celles des évêques comme Boisgelin ou Clermont, illustrent les tensions entre autorité royale, Assemblée et Église.
Le récit expose la difficile prestation du serment par les prêtres et évêques, les mesures de séduction ou de terreur employées, et la scission entre clergé jureur et non-jureur, avec exemples précis à Paris et dans les départements. Les élections d'évêques constitutionnels, la consécration par Talleyrand, l'organisation du clergé constitutionnel et la résistance des fidèles sont détaillées.
Jager couvre également la dissolution des liens sociaux, la fuite du roi à Varennes, les persécutions contre le clergé fidèle, les mesures de l’Assemblée nationale pour contrôler le culte catholique, et l'évolution de l'idée républicaine. Les troubles à Paris et en province, les arrestations, emprisonnements et exils des prélats, ainsi que la liberté du culte décrétée par l'Assemblée, sont décrits avec précision.
Enfin, l'ouvrage se termine sur la mise en place de l’Assemblée législative, l'hostilité persistante contre les prêtres réfractaires, les injustices envers le clergé, et les violences, notamment les massacres de prisonniers, qui témoignent de la radicalisation de la Révolution et de l’épreuve que subit l’Église catholique.
Le Tome 2 décrit la mise en œuvre de la Constitution civile du clergé, les débats et pressions à l’Assemblée, la prestation du serment, les persécutions des prêtres fidèles, la fuite de Varennes, et l’hostilité de l’Assemblée législative envers le clergé et la religion catholique.