Édition : Desclée, De Brouwer & Cie — 1899 — 472 p.
Deuxième tome du cours d’Aubry : il couvre la période 1095–1815 (quatrième à sixième époque). L'auteur examine les grandes structures du Moyen Âge chrétien (croisades, papauté, scolastique), la crise du XVIᵉ siècle (Luther, Calvin, Concile de Trente), puis les temps modernes (Westphalie, jansénisme, Révolution française) en articulant continuité doctrinale et circonstances politiques.
Le tome 2 poursuit l'exposé d'Aubry depuis la première croisade jusqu'à l'ère post-napoléonienne (1095–1815). L'ouvrage analyse successivement la formation de la Chrétienté médiévale, l'apogée de la papauté et de la scolastique, la contestation protestante et la réponse catholique (Concile de Trente), puis les bouleversements modernes — conflits religieux, jansénisme, Révolution et recomposition européenne après Westphalie.
Ce second volume du Cours d'histoire ecclésiastique d'Aubry offre une fresque cohérente et raisonnée de l'Église catholique depuis la première croisade (1095) jusqu'aux transformations politiques et religieuses qui précèdent et suivent le Congrès de Vienne (1815). L'auteur présente d'abord la « renaissance chrétienne » du haut Moyen Âge : la mobilisation de l'Occident autour des Croisades, le rôle spirituel et intellectuel de personnalités comme saint Bernard, l'affirmation de la papauté (Innocent III) et les grandes tensions entre pouvoir pontifical et puissances séculières (Frédéric Barberousse, Frédéric II, Philippe le Bel, Louis de Bavière).
Aubry consacre une large part à la période scolastique (XIIᵉ–XIIIᵉ siècles), à son enseignement, et aux institutions monastiques et universitaires qui façonnèrent la pensée théologique (figures citadines : saint Thomas d'Aquin). Ensuite il déroule la crise majeure du XVIᵉ siècle : naissance et diffusion du protestantisme (Luther, Calvin, extension en Angleterre), confrontation des principes (autorité ecclésiale vs libre examen), et la contre-réforme incarnée par le Concile de Trente.
La troisième partie du volume étudie l'époque moderne : conséquences religieuses et politiques de la reconnaissance du protestantisme, la paix de Westphalie (1648) et l'émergence des États modernes ; les conflits doctrinaux internes (jansénisme, quiétisme), les doctrines gallicanes et les controverses du XVIIIᵉ siècle. Enfin, Aubry aborde la Révolution française comme « grande épreuve » : heurts entre Église et pouvoir révolutionnaire, déchristianisation, et réactions catholiques dans la période de restauration. L'approche combine présentation factuelle, synthèse doctrinale et lecture théologique de l'histoire.
Ouvrage pédagogique et systématique, ce tome est destiné aux étudiants en théologie et à tout lecteur cherchant une vue d'ensemble critique mais confiante dans l'action providentielle de l'Église dans l'histoire européenne.
L'Abbé Jean-Baptiste Aubry est un historien ecclésiastique et professeur français de la fin du XIXᵉ siècle. Sa méthode combine l'esprit systématique de la théologie catholique et la méthode historique : il vise à rendre compte des faits en respectant la continuité doctrinale et l'ordonnancement des institutions ecclésiales. Son cours est destiné à l'enseignement supérieur ecclésiastique et à fournir une synthèse utile pour la formation doctrinale et historique.
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